El Colegio se encuentra liderado por el Rector – Don Raúl Pizarro Valdivia – y su equipo, quienes son los encargados de gestionar los diversos estamentos encargados de lo académico, convivencia escolar, disciplinario y administrativo.
La Dirección Académica del Ciclo Inicial y Primer Ciclo Básico es el estamento encargado de coordinar, asesorar y evaluar las funciones técnico-pedagógicas de los niveles Mini Kínder a 5° Año Básico. Su finalidad es facilitar el logro de los objetivos de aprendizaje y optimizar los procesos pedagógicos y evaluativos, realizando acciones de mejoramiento al interior del Colegio San Marcos, realizando las articulaciones pertinentes en el tránsito de nuestros estudiantes en esta importante etapa formativa.
La Dirección Académica del Segundo Ciclo Básico y Educación Media es el estamento encargado de asesorar, evaluar y coordinar los diversos procesos técnico-pedagógicos de los niveles 6° Año Básico a IV° Año Medio, con la finalidad de facilitar el logro de los objetivos de aprendizaje para la adquisición de habilidades y competencias que lleven a nuestros estudiantes al éxito académico y les permitan acceder a la Educación Superior.
La Dirección de Convivencia Escolar es el estamento encargado de la formación valórica en nuestro establecimiento, fortaleciendo la importancia de una sana convivencia entre los miembros de la comunidad educativa, diseñando e implementando planes preventivos o acciones particulares que promuevan el bienestar dentro de nuestro colegio.
La Jefatura de Disciplina y Seguridad es el estamento encargado de organizar, coordinar y supervisar el trabajo armónico y eficiente del área de Inspectoría, velando porque las actividades de nuestro colegio se desarrollen en un ambiente seguro, de disciplina, bienestar y sana convivencia. Su función principal es la de velar por el fiel cumplimiento al Reglamento de Disciplina.
La Dirección de Administración y Finanzas tiene por objetivo la gestión y administración de los recursos financieros y materiales de nuestro colegio, diseñando y ejecutando en forma continua los procesos administrativos que permitan mantener la operatividad y el funcionamiento óptimo de la institución. Dependen de él las áreas de admisión y marketing, tesorería, soporte técnico-informático y personal de servicios, aseo y seguridad.